刷副本效率高的忍者通常具备大范围技能、高爆发伤害或优秀的聚怪能力。宇智波鼬（须佐能乎）是团本的首选，他的天照技能可以无限延伸，持续灼烧敌人，特别适合对付移动缓慢的BOSS。猿飞阿斯玛的双刀流能将敌人聚集，配合火遁技能快速清理小怪。宇智波佐助（疾风传）的千鸟枪和龙火术都是远程两段伤害，奥义麒麟更是大范围AOE，清场效果极佳。
雷影在普通副本中表现突出，技能释放速度快，短时间内造成大量伤害，同时具备较强的生存能力。风影和水影也是不错的选择，前者生存能力高，后者技能范围广，能保护队友。如果追求极速通关，天道佩恩的聚怪能力配合高爆发技能，能在生存挑战和秘境探险中大幅缩短时间。秽土三代的机动性和多段技能在佩恩入侵等副本中表现优异，但持续输出稍逊于须佐鼬。
辅助型忍者在副本中容易被忽视，但他们的作用不容小觑。纲手的治疗和增益技能能提升团队生存能力，日向雏田的控制和减速效果可限制敌人行动。如果缺乏高强度S忍，照美冥是不错的替补，她的减防效果在团本中非常实用。新春水门凭借大范围技能和快速释放的特点，也能高效刷图，适合喜欢灵活操作的玩家。
忍者搭配同样重要，输出型忍者搭配辅助或防御型角色能应对不同副本需求。普通副本可选择雷影+风影的组合，快速推进；高难度副本则推荐须佐鼬+秽土三代+纲手，兼顾输出和生存。合理利用密卷和通灵兽也能提升效率，例如携带复减少技能冷却，或通灵兽协助聚怪。
新手前期可优先培养雷影或风影，操作简单且性价比高。后期资源充足再转向须佐鼬或秽土三代等S忍。注意根据副本机制调整阵容，例如对抗站桩BOSS时优先选择持续伤害型忍者，面对大量小怪时侧重范围攻击。
多尝试不同组合，找到最适合自己的打法，才能事半功倍。
