五位主角——火主、风主、雷主、土主和水主，是构建一切战术体系的基石。每位主角都拥有独特的属性倾向与技能机制，火主擅长火遁与幻术控制，风主以查克拉刷新和破闪见长，雷主是带刀忍者的核心，土主提供坚实的防御与额外普攻，而水主则精于治疗与施加异常状态。阵容搭配的核心就在于围绕这些主角的特质，嵌入属性与标签相匹配的强力忍者，从而激发出超越单个角色能力的团队协同效果。成功的组合并非简单堆砌高强度忍者，而是追求技能链的完美衔接、属性加成的最大化利用以及战术意图的清晰表达，使得整个小队如同一个精密运转的忍术机器。
阵容的构建逻辑主要围绕属性共鸣、技能追打链和专属标签协同展开。游戏内的忍术属性存在克制关系，组建同属性或互补属性的队伍能获得显著的伤害加成。利用忍者技能造成的击退、浮空、倒地等状态，精心设计追打顺序，可以形成高连击的爆发。许多强力忍者拥有木叶、晓、宇智波、忍联合军等特定标签，与主角技能或特定忍者被动搭配时，能为全队提供攻击、防御或查克拉回复等巨额增益。围绕雷主构建雷属性与带刀标签的体系，或是依托土主打造土属性高防反打的阵容，都是经过验证的有效思路。
从实战角度出发，基于五大主角衍生出的阵容通常具备不同的战术侧重。速攻爆发流讲究先手控制与高额伤害，往往依赖风主的刷新或雷主的先攻加成，力求在前两个回合解决战斗。持久消耗流则依靠水主的治疗与毒素、土主的护盾与免伤，通过稳定的续航和负面状态叠加来拖垮对手。控制连锁流以火主的幻术或其它角色的定身、麻痹技能为核心，限制对手的关键行动，逐步夺取战场主动权。还有侧重普攻追击的菜刀队、依赖结界夺取场地优势的结界队等，每种阵容都有其发挥优势的环境与需要注意的克制关系。
阵容的搭配并非一成不变，根据拥有的忍者库进行灵活调整是其精髓所在。即使核心思路相同，更换其中一两个辅助或输出忍者，也可能带来全新的化学反应。在联军体系中，核心输出位可以在强攻型忍者与控制型忍者之间选择；在缺乏某个关键忍者时，也有功能相近的下位替代选择。这种调整同样延伸至主角自身的天赋技能选择上，针对不同的阵容组合和对手，微调奥义、普攻或被动技能，是高手进阶的必备技巧。装备和饰品的搭配也至关重要，合适的套装效果能进一步放大阵容的优势，弥补其短板。
在竞技场中，先手值和针对性的控制可能至关重要；而在一些高难度的副本挑战中，团队的生存能力与持续输出则成为首要考量。理解当前环境中流行的主流阵容，并据此构建具有反制能力的队伍，是提升胜率的关键。一套成熟的阵容需要经过多次实战的磨合与调试，了解其查克拉节奏的运转、核心技能的释放时机以及面对不同压力时的应对策略，才能真正发挥出全部实力，从而在忍界的对决中占据不败之地。
